清閟阁墨竹图轴
受其书法的影响，其作品中的湖石，大多运用披皴、解索皴的笔法均具有类似草、篆的书写意韵，圆浑中透出脱俗的清刚之气。在他的笔下，所画山水，苍秀浑厚，丘壑不凡；所画花鸟石草，淡墨传香，饶有奇趣。柯九思擅画墨竹，人称他笔下的墨竹“晴雨风雪，横出悬垂，荣枯稚老，各极其妙”。
简洁而秀逸的兰花，生于幽谷，遗世独立，清雅高洁。
《九歌图》卷共十二段，每段一图，画屈原像及楚辞《九歌》中的《东皇太一》、《云中君》、《湘君》、《湘夫人》、《大司命》、《少司命》、《东君》、《河伯》、《山鬼》、《国殇》和《礼魂》十一章内容。秀劲宛转，线条纤细飞扬，体现了元代的白描风格。
此图取材于唐人小说《柳毅传》中“柳毅传书”的情节，描述洞庭龙王之女饱受丈夫虐待，在泾河岸边牧羊，秀才柳毅偶遇龙女，仗义为之传书，终使龙女得救的故事。作者选取柳毅下马揖见、龙王率众侍从出门迎请的一瞬，大不盈尺的画面充满了情节性和戏剧性。龙王宫阙上下翻腾起伏的海浪交代出与凡间迥异的环境，柳毅的平静与龙王的恭谨成功地刻画出人物的性格和心态，而画面上端的一片空白，迷濛苍茫，似云似雾，延展了画意，营造了意境。宫阙的描绘虽然用直尺界笔，但造型简括准确，线条粗放有力，异于元代流行的工谨精细的白描建筑画之风。
描写的是《宝积经》中故事：鬼子母暴虐成性，生子一万，杀人子女为食。如来佛遂将其幼子镇于琉璃钵中，鬼子母率众魔百十余揭钵救子未果。佛趺坐莲台，庄严自如，鬼子母最终发誓永不杀人，皈入佛门，鬼子得从钵中放出。该故事宣扬的是佛法无边、邪不胜正之理。
其山水画多作丛山密林，表现四时朝暮的江山胜景，也有的作品描写清溪洲渚中渔夫、隐逸的生活环境。画法出自董源、巨然，同时也以工笔见长。主要画风特点是结构严整，笔墨清润，在浓郁浑厚的气韵中具有潇洒隽逸的格调。
发展了墨竹画鼻祖文同的画法，别开生面将中国古代的书法融于画法之中，“写干用篆法，枝用草书法，写叶用八分或用鲁公（即颜真卿）撇笔法”，这是卓越而独特的创造。柯九国笔下的墨竹“各具姿态，曲尽生意”，新竹拔地而起，枝茂叶盛，欣欣向荣；老竹稍稍倚斜，枝叶扶疏，劲节健骨；幼竹奋发向上，稚叶初长，充满朝气。正如元朝国子祭酒刘铉所赞叹的“晴雨风雪，横出悬垂；荣枯稚老，各极其妙。”此外，明朝刘伯温、清朝乾隆皇帝对柯九思的墨竹都有题咏之作。 艺术是永恒的。柯九思的画见于后代著录者颇少，但因其名声大，伪作也不少。如今尚存比较可靠的精品是保存在故宫博物院的《清閟阁墨竹图》和上海博物馆的《双竹图》。
此图绘秀石旁两株修竹交柯而立，棘条屈曲上扬，两双禽鸟栖于棘上。构图疏朗，秀石用笔直皴，以水墨略染，修竹、棘条笔墨清劲，双禽略加色染，意在工鸟之间，画格疏劲清幽。无款识，仅钤“彦辅图书游戏清玩”、“西宇道人”二印。
蜀道难
，作品画坡石桃竹，两双锦鸡楼于坡石之间。桃枝上的一双小鸟作欲飞状。枝上桃花或盛开，或含苞欲放。图中花和叶都用水墨点画而成，不用线勾。作者以深浅不同的色调，表现出阴阳向背和不同的颜色。鸟身的羽毛举涂染皴划粗细笔兼用，不作精雕细琢。全画笔墨稳练、文雅，气韵苍古
此图为纸本、墨画，在画面最左边，题有楚石梵琦写的赞：“寒山拾得两头陀，或赋新诗或唱歌。试问丰干何处去，无言无语笑呵呵。”这幅画，描写寒山与拾得两位仙人席地坐于一株古树下，背依石丘，相对谈天说地，一副逍遥自在的样子。画中的寒山拾得蓬头光脚笑颜，一人双手相握，一人俟身向前。画面线条玲珑，浓淡衬托有力。虽寥寥数笔，但傲笑自若的禅僧形象已跃然纸上，流露出一种超脱物累、大智若愚、狂放不羁的精神。画家用了多种笔法来表现这一充满静谧禅机的场面：以吹墨法画头发，使之有蓬松自然之感；以阔笔焦墨画襟带，使之有临风而动的飘逸感；以渴笔画树石，使之有苍劲古逸之感。画意损深邃，画风简约，拙朴木纳，又不失活泼、诙谐。
寒林图》画枯林一行于坡石之间, 树干劲挺, 疏落有致, 笔墨带有秀润气, 属中年之作。
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